La vía Territorial
 
   

Esta vía refleja el proceso por el cual un Territorio Indígena logra que el Estado le reconozca la posibilidad de Autogobernarse o de ser Autónomo, ejerciendo la facultad de legislar y de administrar justicia, en todo el ámbito de su territorio, y a partir de formas de gobierno creadas por ellos mismos y basadas en sus usos y costumbres. Como en la mayoría de los casos, esos territorios están superpuestos o solapados con uno o varios municipios (e incluso con mas de un departamento o provincia), esta vía implica la necesidad de redefinir los límites politicos y administrativos municipales y hasta departamentales.
En general, es la vía preferida por los indígenas, quienes la consideran una forma de obtener su gobernanza genuina, con sus propias formas de organización y estructuras de gobierno, en base a su cultura y visión. Como ventaja adicional, estiman que facilitaría el control de los recursos naturales.
Sin embargo, es un proceso en construcción puesto que ancestralmente los Pueblos Indígenas no definían límites territoriales. Y por otra parte, podría ser un riesgo en caso que el Estado desatienda los servicios básicos en los territorios indígenas, especialmente en el caso de que la autonomía no incluya el control de los recursos naturales y la coparticipación que hoy recibe todo municipio de parte del gobierno nacional.
Esta vía se considera preferible en los territorios indígenas donde el Estado no tuvo ni tiene presencia, como el caso de la Amazonía Colombiana; y en territorios indígenas que no se sobreponen con límites municipales o departamentales. Pero en general, en Ecuador, Bolivia y Colombia los pueblos y nacionalidades tienen territorios fragmentado entre distintos municipios, departamentos, e incluso entre países. Esta fragmentación dificulta la autonomía por vía territorial, por más que la ley la admitiese.
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