Subregión Amazonía Norte
Comprende todo el departamento de Pando, y partes del Beni y norte de La Paz.
Subregión Amazonía Sur
Rurrenabaque es el punto geográfico natural de confluencia gracias al río Beni, el río Tuichi y las carreteras a Ixiamas y Riberalta por el norte; mientras que al sur se conecta con Caranavi hacia la ciudad de La Paz.
Subregión Iténez Mamoré
Limita con Brasil a lo largo del río Iténez; en el oeste, a lo largo del río Mamoré y al sudeste, en la zona que colinda con la Chiquitanía Cruceña.
Subregión Chapare Moxos
En los departamentos de Beni y Cochabamba y una pequeña parte del oeste de Santa Cruz. Contiene el TIOC y área protegida del TIPNIS.
Subregión Chiquitanía
Dentro del departamento de Santa Cruz, al norte de la capital cruceña y al este, cerca de la frontera con Brasil.
Subregión Chaco
Al sur del departamento de Santa Cruz, y tierras bajas de Tarija y Chuquisaca.
Fuente: Fundación Tierra (2010). Territorios Indígena Originario Campesinos en Bolivia. Entre la Loma Santa y la Pachamama.