«Los gobernadores de los cabildos asumen la representación hacia afuera
de la comunidad, en tanto que las autoridades tradicionales -chamanes,
curacas, taitas y consejos de ancianos- siguen siendo los sabedores del
conocimiento ancestral, los guías espirituales y a quienes se acude para
tomar decisiones trascendentales para las comunidades.«
Jairo Valencia

La Constitución de Colombia de 1991 inauguró el reconocimiento de las propias autoridades, y la posibilidad de gobierno según sus propias normas y procedimientos.
En sus disposiciones sobre organización territorial, y siempre dentro de los límites de la constitución y las leyes, la Constitución define que las Entidades Territoriales Indígenas gozan de Autonomía para la gestión de sus intereses; y dentro de los límites de la constitución tienen derecho a:

1. Gobernarse por autoridades propias.
2. Ejercer las competencias que les correspondan.
3. Administrar los recursos y establecer los tributos necesarios para el cumplimiento de sus funciones.
4. Participar en las rentas nacionales (Art. 287).

Jurisdicción especial: las autoridades de los pueblos indígenas podrán ejercer funciones jurisdiccionales dentro de su ámbito territorial, de conformidad con sus propias normas y procedimientos. Estas autoridades funcionarán en coordinación con el Sistema Judicial Nacional (Art. 246).

Autoridades Propias: las ETI serán gobernadas por Consejos conformados y reglamentados según los usos y costumbres de sus comunidades; que deberán velar por la aplicación de normas de usos del suelo y población; preservar los recursos naturales; diseñar políticas, planes y programas de desarrollo económico y social; coordinar los programas y proyectos promovidos por las comunidades en su territorio; promover inversiones públicas y velar por su debida ejecución; percibir y distribuir sus recursos; y representar a los territorios ante el Gobierno Nacional (Art. 330).

El Reglamento de tierras para indígenas (Decreto Nº 2.164 de 1995) define que los Resguardos Indígenas serán manejados y administrados por los respectivos cabildos o autoridades tradicionales de las comunidades, de acuerdo a sus usos y costumbres, y a la legislación especial referida a la materia (Art. 22).
Define a las autoridades tradicionales como los miembros de una comunidad indígena que ejercen, dentro de la estructura propia de la respectiva cultura, un poder de organización, gobierno, gestión o control social; y a los cabildos como entidades públicas especiales, cuyos integrantes son miembros de una comunidad indígena, elegidos y reconocidos por ésta, con una organización sociopolítica tradicional, cuya función es representar legalmente a la comunidad, ejercer la autoridad y realizar las actividades que les atribuyan las leyes, los usos, las costumbres y el reglamento interno de cada comunidad (Art. 2).
Pero los resguardos no son unidades gubernamentales, sino tipos de propiedad; y en algunos casos su delimitación geográfica no coincide con la jurisdicción de las autoridades indígenas, es decir con la organización política de cada pueblo. Incluso existen grandes resguardos al interior de los cuales existen varias autoridades indígenas (Biviany Rojas).

Asociaciones de Autoridades Indígenas (AATIs)

Actualmente los pueblos indígenas de la amazonía ejercen su gobierno mediante la figura de AATIs, entidades públicas organizativas y políticas de carácter especial que se originaron en el Artículo 56 transitorio de la Constitución, que dio lugar al dictado de normas para el funcionamiento de los territorios indígenas hasta la expedición de la LOOT. Estas normas fueron reglamentadas por el Decreto 1.088 de 1993, que regula la Creación de Asociaciones de Cabildos y/o Autoridades Tradicionales Indígenas.

El decreto señala que para posibilitar la asociación y participación de las comunidades indígenas, sus autoridades tradicionales o cabildos pueden asociarse en representación de sus respectivos territorios indígenas (Art. 1); gozar de personería jurídica y autonomía administrativa (Art. 2). El objeto de las AATIs es el de realizar actividades industriales o comerciales y proyectos de salud, educación y vivienda que promuevan el desarrollo integral de sus comunidades (Art. 3). La autonomía de los cabildos y autoridades tradicionales no se compromete por pertenecer a una AATI (Art. 4).

Representación en el Senado: existe un cupo de dos senadores elegidos en circunscripción nacional especial por comunidades indígenas, los que deberán haber ejercido previamente un cargo de autoridad tradicional en su comunidad u organización indígena (Art. 171).

Es interesante destacar que en los resguardos solo viven indígenas. La presencia de colonos no está permitida.